El Dr. Neo Cortex no se alegró cuando Crash Bandicoot acabó con sus planes de dominación mundial. Pero cuando descubrió que una alineación planetaria amenazaba con terminar con el mundo y sólo los cristales especiales podían evitar las consecuencias de la energía estelar, decidió redimirse y crear el Cortex Vortex.
Para evitar la catástrofe, necesitan 25 cristales más y Crash es el único héroe capaz de reunirlos. Crash salvó el planeta de Cortex, pero ¿podrá volver a salvarlo con Cortex?